Le wiki Eclipse détaille très clairement la procédure pour obtenir un dump de la JVM au moment précis où celle-ci semble soit complétement bloquée, soit tombée dans un mode dans lequel un thread s’est emballé et occupe 100% du CPU…
Pour faire court, si vous avez un JDK 1.6 ou supérieur, il ne vous faudra que quelques secondes pour obtenir un état de la pile, puisqu’il suffit d’exécuter :
- jps, afin d’obtenir le PID de la JVM qui vous intéresse
- jstack <pid>, pour obtenir le dump sur la sortie standard
Avec une version de JDK plus ancienne, il faut avoir lancé la JVM (de Sun…) avec l’option -Dcom.sun.management.jmxremote. Cela permet de s’y connecter par la suite avec l’outil jconsole. Bien qu’assez peu contraignante, cette pratique a tout de même l’inconvénient d’obliger à savoir à l’avance que l’application va tomber dans un deadlock, ce qui n’est pas toujours le cas… 
Si vous êtes sous Linux, vous avez gagné puisque quelle que soit votre version de Java, un kill -3 <pid_JVM> fonctionnera à coup sûr !
Le wiki détaille d’autres procédures, et notamment comment s’y prendre si l’on veut obtenir le dump d’une application à distance.
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